Nascido em 1984 no Rio de Janeiro, Bernardo Aguiar teve o seu interesse pela percussão despertado de maneira bem espontânea durante a sua infância. Ao ver e sentir a pressão sonora de uma bateria de escola de samba, sentiu necessidade de tocar percussão, o que o levou a frequentar a bateria do GRES Unidos do Santa Marta e alguns blocos carnavalescos do Rio de Janeiro, nos anos 90.
Aos 13 anos iniciou a sua carreira profissional ao ingressar na orquestra de pandeiros Pandemonium, na qual permaneceu até o ano de 2001, como o solista principal. Durante esse período, o grupo fez shows ao lado de grandes nomes do samba como João Nogueira, Elza Soares, Nelson Sargento e Wilson Moreira, além de ter participado do Percpan de 2000, um dos mais importantes festivais de percussão do mundo, dirigido pelos músicos Gilberto Gil e Naná Vasconcelos. Também foi através do Pandemonium que Bernardo teve contato com alguns de seus mestres da percussão: Carlos Negreiros, Robertinho Silva e Marcos Suzano.
A partir dos 17 anos, começou a acompanhar e a gravar com diversos músicos do cenário da música instrumental carioca, incluindo o grupo Pife Muderno, liderado pelo multi-instrumentista Carlos Malta. Integrando o grupo, Bernardo viajou por muitos lugares do Brasil e do mundo. Além de sucessivas viagens à europa, Bernardo esteve em 2006 com o Pife Muderno na University of Florida (EUA), local onde também ministrou cursos de pandeiro e percussão, em 2011 na Forbidden City Concert Hall (Pequim, China) e em 2012, no lendário Carnegie Hall (Nova York, USA), se apresentando ao lado do cantor e compositor Gilberto Gil. O grupo atua com grandes nomes da música brasileira e do mundo como Lenine, Moraes Moreira e Jacob Collier.
Em 2007, Bernardo foi um dos convidados internacionais da edição do Copenhagen Jazz Festival, na Dinamarca. Nesse mesmo ano, se apresentou ao lado do bandolinista Hamilton de Holanda no projeto Manisfesto Brasilianos, que propõem o encontro de músicos da nova geração em destaque. Com Hamilton, e com o violoncelista Jaques Morelenbaum, se apresentou em 2009 no Festival Tudo é Jazz em Ouro Preto. Também gravou no disco Casa de Villa, do compositor Guinga e realizou shows em diversos lugares da Ásia em duo com o violinista Zé Paulo Becker.
Transitando pelo universo de música pop, gravou dois dos últimos discos da banda O Rappa e o seu DVD Acústico MTV. Realizou turnê nos EUA a convite do lendário percussionista Sammy Figueroa e acompanhou a cantora Roberta Sá em turnê pelo Brasil.
Em 2009, ao lado do músico Gabriel Policarpo, fundou um dueto de percussão, o Pandeiro Repique Duo (PRD), projeto que coloca lado a lado esses dois instrumentos típicos da alma carioca expandindo os limites regionais à sonoridades universais. O Duo, além de shows, promove oficinas de ritmos brasileiros, já tendo atuado em palcos de países da África, Europa e América do Sul e importantes centros acadêmicos do mundo como o The Juilliard School of Music, The Philadelphia University of Arts, City University London e Copenhagen Rytmisk Konservatorium. Em 2012 o Pandeiro Repique Duo lançou seu primeiro álbum que contém um CD bônus com participações especiais de Yamandú Costa, Nicolas Krassik e Carlos Malta, Marcos Suzano, Mestre Ciça e o cantor africano Ashimba. Em 2014, o PRD gravou na Dinamarca um trabalho que propõem uma imersão musical junto com instrumentos convencionais como o contrabaixo acústico e o piano, esse projeto se chama Strejf e é formado pelo pianista dinamarquês Carsten Kær e pelo baixista francês Brice Soniano.
Em 2015, Bernardo assinou a produção musical do elogiado disco da cantora Aline Paes. Também participou do longa-metragem “Xingu Cariri Caruaru Carioca”, da diretora Beth Formaggini, que passeia pelo universo musical das bandas de pífanos. Nesse documentário, Bernardo Aguiar percorre, ao lado de Carlos Malta, diversos recantos do Brasil em busca de sonoridades tradicionais da música brasileira que servem de inspiração a expressões contemporâneas.
Nesse mesmo ano foi convidado para gravar o DVD “Family Dinner 2″da banda norte-americana Snarky Puppy, um grande projeto de música do mundo em que se apresenta ao lado de grandes nomes da música do mundo como Chris Turner, Suzana Baca e Salif Keita e que foi lançado em 2016.
2016 é o ano em que lança o seu projeto audiovisual “Universal Pandeiro”, concebido junto com o seu parceiro cineasta Daniel Lôbo, que divulga a música feita com pandeiros ao redor do mundo. É também o ano que lança o seu método de pandeiro “Pandeiro Moderno”.